こんにちは。
早速のご回答ありがとうございました。

個人的にはガッキガキのドット感が好みなので、ドットがよりシャープに
表示される320x240のフルスクリーンで実行していたのですが、
「Real Stretched」の場合、低解像度だと「ドットムラ」が顕著になるので、
「None Stretched」でドットムラをなくしておりました。

ただ、「Real Stretched」でも解像度を1280x1024で表示すると、
ドットのシャープさは多少失われますが、推奨されている
実機に近い表示比率になる上に、ドットムラもほとんど気にならなくなるので、
こちらの表示方式も悪くないですね。
また、「R-TYPE」など、ソフトによっては「None Stretched」だと
表示画面をはみ出してしまうものもあるので、
ケースバイケースで使い分けていきたいと思います。

次バージョンでは、「None Stretched」での起動もできる形になるということで、
表示画面を使い分ける際の利便性もかなり向上するかと思います。
迅速な対応に感謝申し上げます。