Linux+Wineの環境ではうまくジョイパッドが動作しない模様です。
認識されていない様なのか、押しても反応が無い様です。
また「"Ootake" PCE Pad Setting」から各「Set」ボタンを押すと出るウインドウは
どうもハングしているみたいです。
(JOYを操作しても反応無し、[ESC][F1]効かず、窓閉バツボタンも効かず)

また、MacBookでは本体内蔵の加速度センサーが
/dev/input/js0 (恐らくWinAPIから見て1PJOYに見える)に居座ってしまい
USBに挿した最初のJOYPADが /dev/input/js1 (恐らく2Pとして見える)になるので
PADが複数接続されている場合にはどれを使うか選べると有り難いです。
ちなみに本体加速度センサーは、Linuxのjstestによれば
2軸0ボタン として認識されているらしいです。