こんにちは。報告ありがとうございます。
どんな環境でもうまく動くようにしたいですので、Ootake側に問題があれば
修正していきたいと思います。

ですが今のところ情報が少なく、原因がわからないので、他にもv0.74以降で
もジョイパッド設定ができない方がいましたら、環境と詳細を書き込んでく
ださると助かります。
（「コンフィグの画面に表示されているメッセージ」など細かい部分まで知ら
　せていただけると原因がつかめるかもしれません）

蛇足になるかと思いますが
・Ootakeの"Info"メニュー→"Version"でv0.74以降になっているかどうか
も確認なさってみてください。