私もまともにキーコンフィグが出来ない者ですが、１つ原因は分かっているので報告します。
キーコンフィグ画面が表示されたときに漢字入力がONになっているらしく
半角／全角キーを押した後はキーコンフィグを受け付けるようになります。
ただし半角／全角キーが１つ目のキーとして登録されてしまうために
まともにキーコンフィグが出来ないのが現状です。
(キーコンフィグ開始前に漢字モードを切り替えておいてもコンフィグ窓表示時に
漢字モードに切り替わるみたいです)

参考までにFinalburn Alpha Plus!と言うソフトでは
キーコンフィグ時にWaiting for FBK_KANJI to be released...
と言うメッセージが表示されて漢字入力解除待ちになる見たいです
http://fbap.1emulation.com/
ソースコード公開されているみたいなので参考にしてみてはいかがでしょう？