私もアーカイブ希望派です。
すみませんが、作者さんの意図が良くわかりません。

>レジストリ追加で明確に速度的に問題が出るものは、よほど大きな容量を書
き込むソフトとか、デスクトップの右クリックメニューなどのレジストリに
機能追加するものぐらいですので。

この文では、
「（レジストリの使用によって）他のソフトでは問題が起こる場合もあるが、Ootakeの場合は問題ない（のでインストーラ形式は問題ない）」

と読めましたが、

>玄人の方でも、アーカイブのコピー時に１つ選択漏れで上書きミスがあったり、
初心者の方は、デスクトップ上で解凍してそのまま使ってしまう（Ootakeはた
ぶん大丈夫だと思いますが、あまり長すぎるフォルダ名の下でソフトを動かす
と誤動作を起こすソフトもあります）こともあります。

こちらの文では、
「（アーカイブ形式の使用によって）他のソフトでは問題が起こる場合もあるが、Ootakeの場合は問題ない（けどアーカイブ形式は問題がある）」

と読めました。
説明に矛盾を感じます。
OotakeはOotake.exeさえ解凍すれば動作に問題は起こらないですよね。
ですので、解凍ミスというのは起こりえないと思います。

それに、ちょっとソースを読みたいというだけなのにインストールが必要というのは大変不便に感じています。

恐れ入りますが、インストーラにこだわる理由をもうちょっと説明してもらえないでしょうか。
納得さえできればそれ以上に要求するつもりはありません。