蒸し返すようで恐縮ですが、論点にずれがあるようですので書き込みます。

>インストーラー配布でないオンラインソフトも、レジストリをいじったりファ
イルをいじったりするものはたくさんあって、危険性は同様です。ですので、
「アーカイブだから安心」「インストーラだから危険」という線引きは逆に危
険です。

インストーラが嫌なのではなくて、レジストリに書き込まれるのが嫌なんです。
なぜかというと、レジストリに書かれた内容というのは、書かれる前の状態に戻すことが不可能だからです。
レジストリエディタで項目を削除しても、「削除したという情報」が書かれるだけで、内容自体はゴミとして残るからです。

よって、Ootakeのようにアンインストールのための少量の情報を書き込むだけであっても、一度レジストリに書き込みを行うと、アンインストールしたとしてもインストール情報は消えません。

これがなぜ嫌かというと、レジストリの内容によって起動時間やシステムの安定性に、ごくわずかといえど影響が出るからです。

考えても見てください。
仮に、かつて1回使っただけでアンインストールしたソフトがあったとして、そのソフトが書き込んだインストール情報によって毎回OSの起動時間が長くなったり、常時システムの安定性が影響を受けているとしたら、決していい気分はしないでしょう。

インストーラアレルギーの人が言いたいのはそういうことだと思います。
少なくとも私はそうです。

>エミュレータ関係で言えば、圧縮されたROMファイルを読み込んで実行できるソ
フト（Ootakeでも余裕ができたら対応したいと思っています）は、解凍したファ
イルの扱いや削除などの処理があるため、アレルギーの方からすれば避けるべ
きソフトなのかもしれません。

これはアレルギーとは関係ないと思いますので、ぜひ実装してほしいと思います。


>ちなみに、0.54のzip版をダウンロードなさった方の数は28でした。インストー
ラー版0.54をダウンロードなさった方の数は1918なので、アレルギーの方がおっ
しゃる「周りも大勢がアレルギー」というようなことはないです。

0.54公開時にはインストーラしかありませんでしたし、数日後に掲示板のみで公開されたzip版とでは比較になりません。
比較するのであれば、同時に同じ場所で公開しないと意味がないと思います。

決して作者さんを非難しているわけではないのでご理解ください。