このソフトのバグというか仕様として、一度コンフィグでボタン設定した後で再びコンフィグに入ると、デフォルトの配置に戻ったように表示されますが、
十字キーの下を押していきカーソルをボタンに合わせていくと、先ほど設定した通りの内容に表示が変わります。
つまり、一度設定してコンフィグ画面を抜ければ設定した通りのボタン配置が内部では一時的に記憶されているので、
実際のプレイ上は問題がないようです。