こんにちは。v2.91で大きな変更は行っていません。

こちらのいくつかのテスト環境でも元気に動いています。

原因を推測しますと、違うかもしれませんが、ともさんはv2.91で６ボタンゲーム時
だけしかパッド設定をされていないように思えます。

２ボタン設定に切り替えた『後』にも、一度だけパッドの設定をする必要があり
ます。

この辺若干ややこしく（６ボタン時と２ボタン時では設定が別々に保存されます）
なってしまっているので、今後改善できればと思っています。

２ボタンに切り替えた後に設定してもうまく行かないようでしたら、Ootake側に
問題があれば修正したいと思います。