ボスを倒したときの音ですが、2.86だと、ボスを倒したときの
CD音声の最初の部分が、サンプリング音声の「ウォー」の音と
重なってかき消されます。

初代機だと、サンプリング音声の「ウォー」という音が
鳴り終わってからCD音声の再生が始まるようなタイミングです。
（Super Darius Perfection で確認ください）

bramファイルは、ファイルのヘッダ部分にチェックサムを持っていて
チェックサムが合わないと、ファイルが壊れていると判断して
スキップするような処理になっていないでしょうか？
（バイナリエディタで除いたら、そんなフォーマットに見えたので）
その状態でハイスコアを保存したので、前のスコアが全部消えてしまいました。