すみません。Ootake側の問題かもしれない可能性が見つかりました。

WindowsPCに２台ジョイパッドがつないであると、Ootake初回起動時に、２台目
のジョイパッドのボタンには、PCEの#2パッドのボタンが自動的に割り当てられ
ます。

そのときにPCEの#2パッドのRUNボタンが、JC-PS101Uに割り当てられていたのか
もしれません。

この場合、OotakeのInputメニューで#2パッドを、Xbox360コントローラーのボタ
ンで設定すると問題なくなると思います。


まとめると、WindowsPCに複数のパッドがつないであるときに、「Windowsで１本
目に認識されているパッド以外のパッド（２本目以降のパッド）」をPCEの#1パッ
ドに設定すると、Moonさんのおっしゃるような問題が起こりそうですね。

ややこしいですが、次回のバージョンから、#2〜#5の初期設定は自動で行わない
（#2〜#5は未設定状態にしておく）ようにしようと思います。

ありがとうございます。