こんにちは。

おそらくですが、MoonさんがPad#2〜#5の設定時に、JC-PS101UのボタンIを押し
てしまったのだと思います。
（#2〜#5のどこかのRUNボタンが、JC-PS101UのIボタンに設定されてしまった）

Inputメニューの下から４番目、「Initialize Pad #1-#5」で入力設定を初期化
してみてください。これでうまくいけば幸いです。

もしうまくいかないようでしたら、Ootake側に不具合が見つけ次第修正します。
ありがとうございます。