PCエンジンのCD-ROMは、ソフトだけでなく、ドライブのハードウェアによってはうまく読めないことがあります。
それもソフトによってバラバラ。私の環境でも、CD起動はできるけどイメージ化しようとするとフリーズするソフトがあります。
PCエンジンのCD-ROMは、CDの規格がまだきちんと整理される前の時代の物なので（世界初のCD-ROM搭載ゲーム機ですからね）、メーカー、ソフトによってCDのフォーマットの細かいところがバラバラです。
どのハードとソフトの組み合わせでどうなるか、こちらのページが詳しいので、そちらの環境と比べてみてはどうでしょうか。

http://homepage2.nifty.com/yss/pce3/pce3.htm