以前報告した件の再現方法が判りました。
１．CD-ROMゲームを起動する
２．Installを実行する
３．そのままゲームを続ける
この場合にbram及びmb128に障害が出るようです。
再起動してInstalled Gameを選択した時には出ません。
確認は[NEO NECTARIS]及び[プリンセスメーカー２]にて行いました。

こんにちは。報告ありがとうございます。

NEO NECTARIS で
1.実CD-ROMで起動。Ootakeの左上に「CD: Neo Nectaris (J)」と認識。
2.CD-ROM2の起動画面が出た状態で、CD-ROMメニューの"CD FullInstall"を
実行してフルインストール
3.１面クリアまで普通にゲームを進めた。

こちらの環境では１面クリア後のセーブが正常に行われて、ロードも問題
なかったです。（Ootakev2.46）

ですので何か別の問題かもしれませんね。
とりあえず、こちらの環境では、新しめのバージョンのOotakeでは、
NEO NECTARIS も問題が起きたことはありません。

プリンセスメーカー２も時間があるときに試してみますね。

＞2.CD-ROM2の起動画面が出た状態で、
スタートボタンを押してゲームを開始されたでしょうか？

すみません、再度やってみましたが出ないですね。
Ootakeからのメッセージではなくて
ゲームソフト内の処理として
「セーブ出来ません」と出ていたので
原因はもっと別な所にあるようです。
いずれにせよインストールしたら再起動すれば
環境が原因としても回避出来るので、これについてはこの辺で。

追記：プリンセスメーカー１
ひと通りの事をやってエンディングまで動作確認しました。

こんにちは。

古いOotakeでセーブしたステートセーブを読み込むと、bramとmb128のデータも
古いデータが読み込まれるので、その場合、ネオネクタリス等一部のゲームで
不具合が出ることは確認しています。(もしこれが原因でセーブできなくなっ
た場合、レジュームファイルと、bramファイルを削除して、ゲームを最初から
プレイしてください)

それ以外で不具合が出るようでしたら、再現性と原因を見つけて修正できれば
と思います。

それから、プリンセスメーカー１をクリアリストのほうへ追加させてもらいま
した。

ありがとうございます。