途中のバージョンを飛ばしているのでどのバージョンからかはわかりませんが、2.98でScreen>V-SyncがAuto以外の場合にフレームレートが30fpsになる現象を確認しました。

V-SyncがAuto以外
ウィンドウがアクティブ：30fps
ウィンドウがバックグラウンド：60fps
PCパフォーマンステスト：50〜300を確認

V-SyncがAuto
ウィンドウがアクティブ：60fps
ウィンドウがバックグラウンド：60fps
PCパフォーマンステスト：0


Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
Intel(R) Core(TM) i7-8700K CPU @ 3.70GHz (12 CPUs), ~3.7GHz
16384MB RAM
NVIDIA GeForce GTX 1060 6GB
※Free Syncに相当する機能を有効にしています。

動作確認時のグラボからの画面出力は60Hzで行いました。

こんにちは。お返事遅くなってしまってすみません。

お使いのビデオカードがGTX1060なので、G-SYNCの設定が原因の可能性が高いと
思います。

NVIDAのコントロールパネルのG-SYNCの設定で、フルスクリーンだけG-SYNCを
有効（WindowモードではG-SYNCを使わない）にする設定（デフォルトです）に
すると大丈夫かもしれません。

WindowモードでのG-SYNCは、デフォルトで無効になっている事からもうかがえ
るように不具合が多いようです。G-SYNCの仕組み（ディスプレイの周波数を
1フレームごとに変化させる）的にも、いくつものアプリが動いているWindow
モードでは本来の効果を発揮するのが不可能な仕組みです。

もし有効に設定されていましたら、WindowモードでのG-SYNCは無効にすること
を強くお勧めします。

これが原因でない場合は、またPC環境の具体的な情報をお知らせくだされば
Ootake側で対応できることは対応します。報告ありがとうございます。